Василий Михайлович Альтфатер родился 16 декабря 1883 г. в Варшаве. Закончил Морской кадетский корпус в 1902 году.
Служил вахтенным начальником на броненосце «Император Александр II», на миноносцах «Выносливый», «Внимательный». С 1903 года служил вахтенным начальником и младшим штурманским офицером на крейсере «Аскольд», переданном в состав Первой Тихоокеанской эскадры и вскоре ушёл на крейсере в Порт-Артур. Во время Русско-японской войны принимал участие в обороне Порт-Артура. Во время войны Василий Альтфатер отличился при спасении экипажа эскадренного броненосца «Петропавловск» и в морском бою в Жёлтом море 28 июля 1904 года.
В 1908 году окончил гидрографический отдел Николаевской Морской академии, назначен штурманским офицером на канонерскую лодку «Бобр II». С 1909 по 1910 годы служил флагманским штурманом Штаба командующего 1-й Минной дивизией Балтийского моря, с 1910 года — флагманский штурманский офицер штаба командующего морскими силами Балтийского моря, постоянно взаимодействовал с А. В. Колчаком. Когда в 1912 году Колчак стал командиром эсминца, Альтфатер занял его место в Морском Генштабе. В Первую мировую войну работал начальником Военно-морского управления при главнокомандующем армиями Северного фронта.
С февраля 1918 года работал помощником начальника Морского генерального штаба. С апреля был членом коллегии Народного комиссариата по военным и морским делам, с октября — членом Реввоенсовета. Тогда же был назначен на должность командующего морскими силами Республики.